Воду для инкубации икры на заводах берут из водоемов, благополучных по инфекционным и паразитарным болезням. В этом отношении наиболее подходящей считают воду артезианских скважин колодцев, ключей, родников. Можно брать воду из небольших спускных прудов-водоемов, которые регулярно чистят и дезинфицируют и в которых нет рыбы. Водозабор для инкубационных цехов можно организовать из шахтных колодцев, которые обычно выкапывают недалеко от водохранилища. Вода по водоносному слою поступает в них из водохранилища, отфильтровываясь по пути от всех возбудителей и их переносчиков.
     Если рыбное стадо водохранилища планируют пополнять молодью из рыбопитомника или нерестово-выростного хозяйства, то предусматривают их попарное строительство. При этом одно хозяйство строят на водозаборе из водохранилища, а второе на водозаборе из родника, шахтного колодца или речки выше водохранилища с устройством головного пруда. Если можно обеспечить такой двойной водозабор для одного хозяйства, то выгоднее строить один крупный рыбопитомник или нерестово-выростное хозяйство.
     Двойной принцип водоснабжения дает возможность более эффективно бороться с заразными болезнями при их появлении в водохранилище или рыбоводном хозяйстве. Так, при возникновении в водохранилище паразитарных болезней, способных вызвать заболевания молоди рыб в рыбопитомнике и ее массовую гибель, водоснабжение мальковых и выростных прудов из водохранилища заменяют речным или из артскважины, вода из которых не содержит возбудителей болезней. Если в водохранилище возникнет какая-либо инфекционная болезнь, не особенно опасная для молоди, ее выращивают в воде из водохранилища в целях образования у рыб относительного иммунитета. Двойное водоснабжение или парный питомник позволяет маневрировать выращиванием молоди восприимчивых и невосприимчивых к появившимуся в водохранилище заболеванию видов рыб. Оно также позволяет проводить и другие профилактические и оздоровительные мероприятия.
     В рыбопитомниках и нерестово-выростных хозяйствах периодически проводят профилактическое летование прудов. Такое мероприятие ценно не только как профилактирующее заразные болезни рыб, но и как улучшающее условия обитания рыб, повышающее рыбопродуктивность прудов и устойчивость рыб к болезням.
     При появлении в рыборазводном хозяйстве заразных болезней проводят радикальные оздоровительные мероприятия со сменой стада производителей и летованием прудов.
    В новых водохранилищах стада рыб можно комплектовать сразу двумя или тремя вышеописанными методами. В таких случаях проводят соответствующие ветеринарные мероприятия.